本院設下列部、中心、室：
一、內科部，分十科辦事。
二、職業醫學及臨床毒物部，分二科辦事。
三、外科部，分九科辦事。
四、骨科部，分六科辦事。
五、婦女醫學部，分五科辦事。
六、兒童醫學部，分八科辦事。
七、復健醫學部，分三科辦事。
八、放射線部，分八科辦事。
九、核醫部，分六科辦事。
十、精神醫學部，分五科辦事。
十一、急診部，分三科辦事。
十二、眼科部，分五科辦事。
十三、耳鼻喉頭頸醫學部，分三科辦事。
十四、腫瘤醫學部，分三科辦事。
十五、重粒子及放射腫瘤部，分三科辦事。
十六、皮膚部，分二科辦事。
十七、病理檢驗部，分七科辦事。
十八、家庭醫學部，分三科辦事。
十九、傳統醫學部，分二科辦事。
二十、麻醉部，分五科辦事。
三十、醫務企管部，分六組辦事。
四十、職業安全衛生室。