兒童醫學中心掌理事項如下：
一、兒科病人之疾病檢查、診斷及治療。
二、兒科各種疾病之教學、研究及訓練。
三、支援建教合作醫療院所有關兒科之醫療及教學相關業務。
四、其他有關兒童醫學醫療事項。