本院設下列部、中心、科、室：
一、內科部，分九科辦事。
二、外科部，分七科辦事。
三、骨科部，分六科辦事。
四、婦女醫學部，分五科辦事。
五、放射線部，分八科辦事。
六、精神部，分三科辦事。
七、急診部，分五科辦事。
八、眼科部，分四科辦事。
九、耳鼻喉頭頸部，分三科辦事。
十、放射腫瘤部，分二科辦事。
十一、病理檢驗部，分八科辦事。
十二、家庭醫學部，分四科辦事。
十三、麻醉部，分四科辦事。
十四、口腔醫學部，分六科辦事。
十五、重症醫學部，分三科辦事。
十六、泌尿醫學部，分三科辦事。
十七、復健醫學部，分三科辦事。
十八、傳統醫學部，分三科辦事。
十九、藥學部，分三科辦事。
二十、護理部。
三十、腫瘤醫學中心，分三科辦事。
四十、總務室，分三組辦事。