本署掌理下列事項：
一、國庫制度之規劃與管理、中央政府歲入預算籌編及國庫財務調度。
二、國庫集中支付業務之管制及庫款撥付作業。
三、公共債務制度之規劃與管理、中央債務舉借及還本付息。
四、政府重大經建、社會福利等財務規劃之核議與公益彩券發行、運用之管理及監督。
五、公股股權及非稅課收入之管理。
六、地方財政之輔導及監督。
七、菸酒管理制度之規劃、管理及查緝。
八、國庫資訊業務規劃、設計、分析、維護與電腦設備安全防護、管制及維修管理。
九、其他有關國庫與支付業務之規劃及管理事項。