本署設下列組、室：
一、庫務管理組，分四科辦事。
二、支付管理組，分四科辦事。
三、債務管理組，分三科辦事。
四、財務規劃組，分三科辦事。
五、公股管理組，分四科辦事。
六、菸酒管理組，分四科辦事。
七、秘書室，分三科辦事。
八、人事室。
九、政風室。
十、主計室。
十一、資訊室，分二科辦事。