本局設下列組、室及稽徵所：
一、營所稅組，分六股辦事。
二、綜所遺贈稅組，分五股辦事。
三、銷售稅組，分六股辦事。
四、法務組，分三股辦事。
五、綜合行政組，分五股辦事。
六、徵收及資訊組，分八股辦事。
七、秘書室，分四股辦事。
八、人事室，分三股辦事。
九、政風室，分二股辦事。
十、主計室，分三股辦事。
十一、監察室，分三股辦事。
十二、新興稽徵所，分四股辦事。
十三、鹽埕稽徵所，分四股辦事。
十四、苓雅稽徵所，分四股辦事。
十五、鼓山稽徵所，分四股辦事。
十六、楠梓稽徵所，分四股辦事。
十七、前鎮稽徵所，分四股辦事。
十八、小港稽徵所，分四股辦事。
十九、左營稽徵所，分四股辦事。
二十、旗山稽徵所，分二股辦事。