綜所稅課掌理事項如下：
一、綜合所得稅（含外僑所得稅）申報案件之收件、審查、核定、開徵、發單及取證。
二、綜合所得稅簡易違章案件之審理及裁罰。
三、綜合所得稅違章檢舉案件之查緝。
四、證券交易稅、期貨交易稅之開徵。
五、全功能櫃檯作業（不含營業稅）。
六、租賃、扣繳與非扣繳業務資料蒐集、整理、保管、調查核定及違章檢舉案件查緝。
七、執行業務與其他所得之資料蒐集、整理、保管、調查核定及違章檢舉案件查緝。
八、綜合所得稅災害損失報備案件之調查、處理。
九、其他有關綜合所得稅事項。