秘書室掌理事項如下：
一、印信典守及文書、檔案之管理。
二、出納、財務、營繕、採購及其他事務管理。
三、本署辦公廳舍等不動產之取得及管理配置。
四、國會聯絡、媒體公關事務之政策規劃、研擬、執行及管考。
五、公務行銷及政令宣導等有關事宜。
六、檔案庫房、關務圖書資料庫及海關博物館之管理。
七、工友（含技工、駕駛）之管理。
八、不屬其他各組、室事項。