本署設下列組、室：
一、綜合規劃組，分四科辦事。
二、通關業務組，分四科辦事。
三、關務查緝組，分六科辦事。
四、稽核業務組，分四科辦事。
五、稅則法制組，分五科辦事。
六、關務資訊組，分六科辦事。
七、秘書室，分五科辦事。
八、人事室，分三科辦事。
九、政風室，分二科辦事。
十、會計室，分三科辦事。
十一、統計室，分三科辦事。
十二、督察室，分四科辦事。