通關業務組掌理事項如下：
一、通關業務政策、法令訂定、修正、解釋之研擬及相關業務之督導。
二、進口、出口、轉口、轉運貨物（櫃）通關業務。
三、快遞貨物通關業務。
四、郵遞物品通關業務。
五、出、入境旅客行李通關業務。
六、通關相關業者管理法規訂修之研議。
七、規費之徵收、代徵及邊境管理代辦事項。
八、關稅配額政策及法令之研擬。
九、優質企業制度之規劃及管理。
十、其他有關通關業務事項。