關務查緝組掌理事項如下：
一、查緝政策、法令訂定、修正、解釋之研擬及相關業務之督導。
二、智慧財產權邊境保護業務之規劃、執行及督導。
三、國內外情資蒐集、分析、交流及走私漏稅密報案件之處理。
四、廠商風險管理基準之訂定、維護及執行，進出口報單篩選系統、其他風險資料庫與風險系統之建置、維護及運作。
五、風險分析、貨物移動安全及廠商守法評估作業。
六、邊境安全相關計畫之執行及督導。
七、緝毒犬培育及訓練業務之規劃及執行。
八、緝毒犬隊及嗅源管理業務之規劃、執行及督導。
九、其他有關關務查緝事項。