稽核業務組掌理事項如下：
一、估價制度、法令之研擬及相關業務之督導。
二、進口貨物國內外價格資料庫之規劃及管理。
三、貨物估價預先審核案件之處理。
四、事後稽核業務之規劃、選案交查及欠稅案件之追蹤管控。
五、保稅政策、法令訂定、修正、解釋之研擬及保稅區相關業務之督導。
六、自由貿易港區、其他免稅區之關稅政策、通關作業程序規劃、法令訂定、修正、解釋之研擬及相關業務之督導。
七、其他有關稽核業務事項。