花蓮分關掌理轄區內事項如下：
一、進口、出口、轉運及轉口貨物之通關。
二、進出口報單審核、副本核發及貨物稅完（免）稅照之處理。
三、進口貨物補稅、艙單及貨樣管理。
四、水域、碼頭之巡緝及押運。
五、入出境旅客、船員行李之檢查及通關。
六、入出境運輸工具之通關及管理。
七、小三通貨物進出口通關之處理、免稅商店及離島免稅購物商店之監管。
八、自由貿易港區業務。
九、違章及行政救濟案件之處理。
十、海運快遞貨物之通關及管理。
十一、其他有關轄區關務事項。