本關設下列組、室、分關：
一、業務一組，分五課十七股辦事。
二、業務二組，分二課六股辦事。
三、稽查組，分四課九股二艇辦事。
四、倉棧組，分二課八股辦事。
五、機動稽核組，分五課五股辦事。
六、法務緝案組，分三課三股辦事。
七、秘書室，分六股辦事。
八、人事室，分三股辦事。
九、政風室，分二股辦事。
十、主計室，分三股辦事。
十一、資訊室，分三股辦事。
十二、五堵分關，分六課二十三股辦事。
十三、桃園分關，分四課十一股辦事。
十四、八里分關，分五課十八股辦事。
十五、花蓮分關，分三課七股二艇辦事。