業務二組掌理事項如下：
一、出口貨物通關（不含驗貨）。
二、進出口報單審核、副本核發及報單管理。
三、出口貨物退關、註銷及轉船之處理。
四、報關、承攬、倉儲、免稅商店、離島免稅購物商店、保稅運貨工具等業者之設立登記及管理。
五、優質企業之認證、驗證及管理。
六、運輸業登記、管理及自備封條申請案件之處理。
七、違章及行政救濟案件之處理。
八、其他有關出口貨物通關事項。