稽查組掌理事項如下：
一、進口、出口、轉運及轉口貨櫃（物）之抽核及儀器檢查。
二、入出境旅客、船員行李之檢查及通關。
三、緝毒犬隊執勤（搜索、偵測）及管理。
四、轄區內水域巡緝。
五、押運業務。
六、緝私船舶、車輛及貨櫃檢查儀等查緝設備之管理及維護。
七、違章及行政救濟案件之處理。
八、其他有關稽查事項。