倉棧組掌理事項如下：
一、進口、出口、轉運及轉口貨櫃（物）之監理。
二、貨棧、貨櫃集散站及保稅倉庫之監管。
三、貨棧、貨櫃集散站免驗貨櫃（物）之抽核。
四、自由貿易港區業務。
五、入出境運輸工具之通關及管理。
六、入境船員行李之檢查及通關。
七、轄區內碼頭巡緝及倉庫之監管。
八、違章及行政救濟案件之處理。
九、其他有關倉儲事項。