機動儀檢組掌理事項如下：
一、進口、出口、轉運、轉口貨櫃（物）之抽核、複驗及儀器檢查。
二、入出境旅客、航（船）員行李、郵遞貨物之抽核及複驗。
三、情資蒐集、分析及市面查緝。
四、貨棧、貨櫃集散站、私貨倉庫、免稅商店及保稅相關處所貨物之抽核。
五、電子封條監控系統之管理及維護。
六、貨櫃檢查儀、輻射偵測儀等查緝設備之管理及維護。
七、輻射證照人員、儀器操作人員之訓練及管理。
八、事後稽核案件之處理。
九、緝毒犬隊執勤（搜索、偵測）及管理。
十、其他有關機動查緝、儀檢及稽核事項。