保稅組掌理事項如下：
一、保稅工廠、保稅倉庫、物流中心及免稅商店等保稅區之設立登記、變更及管理。
二、科技產業園區、科學園區等監管保稅區之查核及管理。
三、自由貿易港區之查核及管理。
四、保稅區貨物之進出口通關。
五、保稅貨物進出口報單審核、副本核發及報單管理。
六、進儲保稅區逾期不報關及逾期不退運貨物之處理。
七、優質企業之認證、驗證及管理。
八、違章及行政救濟案件之處理。
九、進口原料稅自行具結記帳之辦理。
十、其他有關保稅事項。