機動稽核組掌理事項如下：
一、進口、出口、轉運、轉口貨櫃（物）之抽核及複驗。
二、入出境旅客、船員行李、郵遞貨物之抽核及複驗。
三、情資蒐集、分析及市面查緝。
四、貨棧、貨櫃集散站、私貨倉庫、免稅商店及保稅相關處所貨物之抽核。
五、事後稽核案件之處理。
六、違章及行政救濟案件之處理。
七、緝毒犬隊執勤（搜索、偵測）及管理。
八、其他有關機動查緝及稽核事項。