本分署設下列各科、室及辦事處：
一、接管科，分二股辦事。
二、勘估科，分二股辦事。
三、處分科，分二股辦事。
四、管理科，分二股辦事。
五、租賃科，分二股辦事。
六、改良利用科，分二股辦事。
七、秘書室。
八、人事室。
九、政風室。
十、主計室。
十一、臺南辦事處，分三股辦事。
十二、嘉義辦事處，分三股辦事。
十三、屏東辦事處，分三股辦事。
十四、臺東辦事處，分三股辦事。
十五、澎湖辦事處，分二股辦事。