地區支付機構依本法第二十條第一項規定，支付中央政府各機關之支出時，應依左列規定辦理：
一、各該管地區支付機構經辦其轄區內各機關之支付或轉帳款項，於辦理支付作業完竣後，按日編製「每日憑單支付對帳單」通知支用機關。
二、每屆月終，各該管地區支付機構應將其所經辦轄區內各機關當月份之支付或轉帳款項，依機關別及支付科目別，編具庫款支付對帳單，分送填發該付款憑單或轉帳憑單之機關對帳簽認。如發生差額時，應由各支用機關核對調節，加附差額解釋表，一併予以簽回。