中央政府附屬單位預算特種基金及具特定財源之收支併列經費，各依其所定用途編列及執行，不適用本辦法之規定。

直轄市、縣（市）政府於依地方政府財政紀律異常之控管機制運作期間，執行中央計畫型補助款及編列或撥付分擔款，依該控管機制及行政院核定之相關配套措施辦理部分，不適用第十四條第二項及第十八條第三項規定。