納稅義務人有下列情形之一者，處新臺幣一萬元以上五萬元以下罰鍰，並通知其依限補辦或改正；屆期仍未補辦或改正者，得連續處罰︰
一、未依第九條或第十條規定申請登記者。
二、未依菸酒稅稽徵規則之規定報告或報告不實者。
三、產製廠商未依第十一條規定設置或保存帳簿、憑證或會計紀錄者。

產製廠商未依第十二條第一項規定期限申報計算稅額申報書，而已依第十四條規定之補報期限申報繳納菸酒稅及菸品健康福利捐者，按應納菸酒稅稅額及菸品健康福利捐金額加徵百分之一滯報金，其金額不得超過新臺幣十萬元，最低不得少於新臺幣一萬元。

產製廠商逾第十四條規定補報期限，仍未辦理申報繳納菸酒稅及菸品健康福利捐者，按主管稽徵機關調查核定之應納菸酒稅稅額及菸品健康福利捐金額加徵百分之二怠報金，其金額不得超過新臺幣二十萬元，最低不得少於新臺幣二萬元。

前二項產製廠商無應納菸酒稅稅額及菸品健康福利捐金額者，滯報金為新臺幣五千元，怠報金為新臺幣一萬元。

納稅義務人逾期繳納菸酒稅及菸品健康福利捐者，應自繳納期限屆滿之次日起，每逾二日按滯納金額加徵百分之一滯納金；逾三十日仍未繳納者，移送強制執行。但因不可抗力或不可歸責於納稅義務人之事由，致不能於法定期間內繳清稅捐，得於其原因消滅後十日內，提出具體證明，向稽徵機關申請延期或分期繳納經核准者，免予加徵滯納金。

前項應納之菸酒稅及菸品健康福利捐，應自滯納期限屆滿之次日起，至納稅義務人自動繳納或強制執行徵收繳納之日止，就其應納菸酒稅及菸品健康福利捐之金額，依郵政儲金一年期定期儲金固定利率，按日計算利息，一併徵收。

納稅義務人有下列逃漏菸酒稅及菸品健康福利捐情形之一者，除補徵菸酒稅及菸品健康福利捐外，按補徵金額處一倍至三倍之罰鍰：
一、未依第九條規定辦理登記，擅自產製應稅菸酒出廠者。
二、於第十四條規定停止出廠期間，擅自產製應稅菸酒出廠者。
三、國外進口之菸酒，未申報繳納菸酒稅及菸品健康福利捐者。
四、免稅菸酒未經補徵菸酒稅及菸品健康福利捐，擅自銷售或移作他用者。
五、廠存原料或成品數量，查與帳表不符者。
六、短報或漏報應稅數量者。
七、菸酒課稅類別申報不實者。
八、其他違法逃漏菸酒稅或菸品健康福利捐者。