稽徵機關對於會計師依本辦法代理所得稅簽證申報案件，除對所提供之查核報告、查核工作底稿以及其他有關表報說明尚有疑問或認為尚有應行查核事項，得向該會計師查詢，或通知會計師限期補具查核說明文件，或通知會計師向委託人調閱帳簿文據並備詢說明外，應就書面查核認定。但會計師逾期未提送帳簿文據或喪失稅務代理人資格，或其他原因致無法通知時，稽徵機關得直接向該委託人調取帳簿文據查核。

稽徵機關得視人力許可，對前項書面查核認定案件，定期實地抽查，惟經實施評鑑績優者，其受託代理查核簽證申報之案件，得免予抽查。