本辦法中華民國八十六年二月十二日修正之第九條、第十條、第二十條第一款及第二十三條之一，自課徵八十六年度綜合所得稅起適用之。

本辦法中華民國九十六年二月五日修正發布之第十九條第二款、第十九條之一、第二十條第四款第一目、第二十條之一、第二十二條第四款、第二十三條第二款、第二十五條第一款及第二十五條之一，自九十五年度綜合所得稅結算申報案件適用之。

本辦法中華民國一百零四年三月二十六日修正發布之第二條、第八條之一、第十一條、第十三條、第十八條、第十九條、第二十條、第二十三條、第二十三條之一、第二十四條、第三十條及第三十一條之一，自一百零二年度綜合所得稅結算申報案件適用之；第二十條之一自一百零四年度綜合所得稅結算申報案件適用之。

本辦法除另定施行日期者外，自發布日施行。