民間機構於興建或營運期間，如有彌補虧損以外之減資行為，該減資部分不得適用本辦法規定，應由民間機構自公司變更登記表核發之次日起六個月內，向所在地稅捐稽徵機關申請更正或註銷營利事業股東投資抵減稅額證明書。

前項民間機構之營利事業股東已申報抵減營利事業所得稅額者，應補繳已抵減之稅額，並自抵減年度營利事業所得稅結算申報期間屆滿之次日起至繳納之日止，依郵政儲金一年期定期儲金固定利率，按日加計利息，一併徵收。