依本辦法申請抵減所得稅之設備於交貨之次日起三年內，或專供研究單位研究用儀器設備於購置之次日起三年內轉借、出租、轉售、失竊、退貨、拍賣、報廢、經他人依法收回、變更原使用目的或有非自行使用者，應向稅捐稽徵機關補繳已抵減之所得稅款，並自各抵減年度之所得稅結算申報期間屆滿之次日起至繳納之日止，依臺灣郵政股份有限公司一年期定期儲金固定利率，按日加計利息，一併徵收。但報廢係因地震、風災、水災、旱災、蟲災、火災及戰禍等不可抗力之災害所致者，不在此限。

前項因不可抗力災害而報廢之設備或專供研究用儀器設備，應於災害發生後十五日內檢具損失清單及證明文件，報請稅捐稽徵機關派員勘查；其因情形特殊，不能於該期間內辦理者，得於該期間屆滿前申請展延，但展延之期限最長不得超過十五日，並以一次為限。

依本辦法申請抵減所得稅之設備，如有正當理由未能於投資抵減證明書所載預定安裝完成日期前完成安裝者，得於該完成日期截止前，向事業所在地稅捐稽徵機關申請展延，並至遲應於交貨之次日起三年內安裝完成，經稅捐稽徵機關查明或派員勘查屬實者，始得依本辦法適用投資抵減。

前項申請展延，係因地震、風災、水災、旱災、蟲災、火災及戰禍等不可抗力之災害所致者，其展延期限，得不受前項三年期限之限制。

公司依企業併購法規定辦理合併、分割或收購並符合同法第三十七條規定，而將申請抵減所得稅之設備轉移給合併後存續或新設公司、分割後既存或新設公司或收購公司者，該次轉移之設備不受第一項補繳所得稅款及加計利息之限制。