取得審定函之營利事業經交通部審核發現其於第六條第二項規定適用期間之前三年度未符合第二條第一項第一款、第二款、第三款或第五款規定要件者，交通部應撤銷其審定函，該營利事業並自始不適用本法第二十四條之四規定，其未符合要件之當年度營利事業所得稅結算申報，應依本法第二十四條之四以外之規定計算營利事業所得額及應納稅額，並於接獲交通部審核結果通知函之次日起二個月內，更正以前年度依本法第二十四條之四規定辦理之營利事業所得稅結算申報，重新依本法第二十四條之四以外之規定計算其應納稅額，並補繳或退還其與依本法第二十四條之四第一項及第二項規定計算之應納稅額之差額。

營利事業於第六條第二項規定適用期間之第四年度起，不符合第二條第一項規定要件，經交通部依本法第二十四條之四第三項規定廢止其審定函者，自不符合要件之年度起連續五年，不得再選擇適用本法第二十四條之四規定，並應自未符合要件之當年度起，依本法第二十四條之四以外之規定計算其營利事業所得額及應納稅額。其符合本法第三十九條第一項但書規定者，得將經該管稅捐稽徵機關核定前十年內非屬適用本法第二十四條之四規定年度之各期虧損，自當年度純益額中扣除後，再行核課；並得依其他法律規定適用租稅減免。

交通部撤銷或廢止審定函時，應副知營利事業所在地之稅捐稽徵機關及財政部賦稅署。