公司或有限合夥事業依本辦法規定以當年度盈餘進行實質投資，依前二條規定列為計算當年度未分配盈餘之減除項目，於辦理未分配盈餘申報期間屆滿之次日起或申請更正重行計算該年度未分配盈餘之次日起三年內，將其以當年度盈餘興建或購置之建築物、軟硬體設備或技術轉借、出租、轉售、退貨或變更原使用目的非供自行生產或營業用部分，應向稅捐稽徵機關補繳已減除或退還之稅款，並自當年度未分配盈餘申報期限屆滿之次日或領取退稅款日之次日起至繳納之日止，依郵政儲金一年期定期儲金固定利率，按日加計利息，一併徵收。但因公司進行合併、分割或依企業併購法第二十七條或第二十八條規定收購，而移轉予合併後存續或新設公司、分割後既存或新設公司、收購公司，且繼續供自行生產或營業用者，不在此限。

依本辦法規定申請以當年度盈餘實質投資之公司或有限合夥事業，其申報興建或購置建築物、設備及技術之支出，經稅捐稽徵機關查明有虛報情事者，應依所得稅法有關短漏稅額規定處罰及依稅捐稽徵法有關停止並追回其享受獎勵待遇之規定處理。