保稅運貨工具所有人違反第二十五條第三項所定辦法中有關變更登記、證照之申請、換發、保稅運貨工具使用管理、即時追蹤系統之規格、裝置、車機封條之加封、解封程序、維持即時追蹤系統運作或電子資料傳輸之規定者，由海關予以警告或處新臺幣六千元以上三萬元以下罰鍰，並得命其限期改正；屆期未改正者，按次處罰；處罰三次仍未完成改正者，得停止六個月以下裝運貨物或廢止其登記。