保稅工廠業者違反第五十九條第四項所定辦法中有關變更登記、證照之申請、換發、保稅工廠之設備建置、保稅物品之加工、管理、通關或產品內銷應辦補稅程序之規定者，由海關予以警告或處新臺幣六千元以上三萬元以下罰鍰，並得命其限期改正；屆期未改正者，按次處罰；處罰三次仍未完成改正者，得停止六個月以下保稅工廠業務之一部或全部、按月彙報或廢止其登記。