保稅工廠有下列各款情事之一者，由海關依關稅法第八十九條規定，予以警告或處新臺幣六千元以上三萬元以下罰鍰，並得命其限期改正；屆期未改正者，按次處罰；處罰三次仍未完成改正者，得停止其六個月以下原料、自用機器、設備保稅進口；情節重大者，並得廢止其保稅工廠登記：
一、不依第十一條、第十二條及第二十四條第一項及第三項規定設立帳冊，或未於使用前報請海關驗印或核可，或帳冊、表報填載不實，足以影響保稅物品年度結算之數量或補稅金額。
二、保稅帳冊、表報及憑證，不依第十三條第一項及第二項規定保管或有毀損缺頁等情事。
三、喪失第四條規定之保稅工廠登記條件。
四、事實上已停業（工）。
五、財務狀況不良，已有不能清償債務之事實。
六、未依第四條第五項規定辦理。