保稅工廠有下列各款情事之一者，由海關依關稅法第八十九條規定，予以警告或處新臺幣六千元以上三萬元以下罰鍰，並得命其限期改正；屆期未改正者，按次處罰；處罰三次仍未完成改正者，得停止六個月以下原料保稅進口：
一、物品出廠時未依第十七條第二項規定填具出廠放行單。
二、出口保稅物品，於出廠後未依第三十四條規定運抵出口地海關或數量短少。
三、進口保稅物品於進口地提領出倉後未依第二十八條第一項規定運抵保稅工廠。
四、保稅物品無故短少，其短少數量逾帳載結存數量百分之三。
五、依第四十一條規定辦理按月彙報補稅或記帳之案件，其累計應納稅費或應辦記帳稅費超過所提供之擔保。
六、經海關核准且訂有運回期限之保稅物品，逾期未運回。