依第十六條及第十七條規定進儲自用保稅倉庫之保稅貨物，申請出倉時，依下列規定辦理：
一、售與課稅區廠商之貨物出倉視同進口，應由倉庫業者填具報單，檢附報關必備文件向海關申報，並按出倉形態徵稅後，憑電腦放行通知或出倉准單辦理提貨出倉。
二、售與科技產業園區區內事業、科學園區園區事業、農業科技園區園區事業或保稅工廠之貨物，應由買賣雙方聯名填具報單，檢附報關必備文件向海關申報，憑電腦放行通知或出倉准單辦理提貨出倉。
三、申請出倉出口貨物，應由倉庫業者填具報單，檢附報關必備文件向海關申報，並憑准單核對標記及數量相符後出倉，運送至出口地海關辦理通關手續；其貨物由其他廠商或貿易商報運出口者，由報運出口人另於出口報單上載明「本批貨物由○○保稅倉庫供應，除該保稅倉庫得申請除帳外，出口廠商不得申請退稅」字樣，並於出口後將出口報單副本交由倉庫業者除帳。
四、申請出倉移至免稅商店、預售中心、提貨處或離島免稅購物商店之貨物，應繕具「移倉申請書」，檢附裝箱單，傳輸「移倉申請書」至關港貿單一窗口，經系統回應紀錄有案憑以移運，經監視關員核對無訛加封或押運。
五、貨物以郵遞出口者，應依第十一條第三項提供足額保證金，且於貨物出倉前重整為符合郵包限制之尺寸、重量並於外箱貼妥發遞單後，將發遞單號碼填載於裝箱單及出口報單。但屬第四條第一項第七款所列示之物品及菸酒者，不得辦理郵寄。