本辦法依關稅法第五十八條第四項規定訂定之。

經海關核准登記供存儲保稅貨物之倉庫為保稅倉庫，其設立及管理，依本辦法規定辦理。本辦法未規定者，適用其他相關法令之規定。

申請登記為完全存儲自行進口保稅貨物、自行向國內採購保稅貨物、供重整用貨物、供免稅商店或離島免稅購物商店銷售用貨物之保稅倉庫，為自用保稅倉庫，不得存儲非自己所有之貨物。

保稅倉庫得存儲下列貨物：
一、一般貨物。
二、供經營國際貿易之運輸工具專用之物料及客艙用品。
三、供經營國際貿易之運輸工具專用之燃料。
四、修造船艇或飛機用器材。
五、礦物油。
六、危險品。
七、供檢驗、測試、整理、分類、分割、裝配或重裝之貨物（以下簡稱重整貨物）。
八、修護貨櫃或貨盤用材料。
九、展覽物品。
十、供免稅商店或離島免稅購物商店銷售用之貨物。
十一、其他經海關核准存儲之物品。

保稅倉庫不得進儲下列物品：
一、關稅法第十五條規定不得進口之物品。
二、毒品、管制藥品。
三、槍械、武器、彈藥及爆炸危險物。
四、舊車零組件、廢鐵、廢五金、有害事業廢棄物、醫藥報廢物及其他廢料。
五、管制輸入貨品。
六、未經檢疫合格之動、植物或其產品。
七、未取具相關主管機關同意文件之下列物品：
（一）毒性化學物品、氯氟烴（HCFCs） 等列管化學品。
（二）放射性物品。
（三）輸往管制地區之特定戰略性高科技貨品。
（四）存儲期間可能產生公害或環境污染之貨物。
（五）保育類野生動物或其產製品。
（六）鑽石原石。
（七）其他經相關主管機關公告須取具同意輸入文件之物品。
八、其他經財政部公告不適宜存儲保稅倉庫之貨物。

保稅倉庫存儲自國內採購之貨物適用前項之規定。