設立保稅倉庫，應具備下列條件：
一、實收資本額在新臺幣二千萬元以上之股份有限公司。但政府機關、公營事業及經財政部專案核准者，不在此限。
二、經主管機關核定得作為倉庫使用之建築物，並視其存倉貨物之性質，具有防盜、防火、防水、通風、照明或其他確保存倉貨物安全與便利海關管理之設備及適當之工作場所。
三、倉庫出入口應設置效能正常、具備提供海關隨時調閱查核功能、二十四小時錄影及存檔三十日以上之監視系統。但設立於港口機場管制區內以儲存大宗或種類單純裸裝貨物之業者，得經海關核准免設置。
四、設置電腦及相關連線設備，以電腦連線或電子資料傳輸方式處理貨物通關、帳務處理及貨物控管等有關作業。但設於國際航空站管制區內，僅供旅客寄存行李之保稅倉庫及專供儲存航材用品之保稅倉庫不在此限。

經依第二十二條規定申請核准存儲貨物之露天處所，應與外界有明顯之區隔。但設置於國際港口、國際機場之管制區內者，不在此限。<br />

保稅倉庫應在港區、機場、科技產業園區、科學園區、農業科技園區、鄰近港口地區或經海關核准之區域內設立。

申請設立保稅倉庫，應備具下列文件向所在地海關登記：
一、申請書：應載明申請者之名稱、地址、負責人姓名、住址、身分證統一編號及電話號碼、公司統一編號、倉庫地點、建築構造及倉內佈置（附圖說明）、保稅倉庫擬存儲貨物之種類。
二、保稅倉庫建築物使用執照、所有權狀及其影本；如係租賃者，應另檢附租賃契約與其影本及建物所有權人承諾書，載明同意該保稅倉庫經廢止登記時，其保稅貨物可繼續存放倉庫至少六個月，以供海關處理保稅貨物。但設置於國際港口、國際機場之管制區內者，免檢附前開建物所有權人承諾書。
三、須使用倉庫露天處所者，應另備具倉庫露天處所平面圖與其使用權證件及其影本。
四、保稅倉庫自行審查表（如附表）。

申請設立存儲第三條第二款貨物之保稅倉庫者，以輪船公司、航空公司或其委託之運輸工具所屬業者為限。

申請設立存儲第三條第六款危險品之保稅倉庫，應另檢附當地消防機關或有關主管機關出具對設置地點及庫內安全設備之同意文件。

申請設立存儲第三條第七款辦理重整貨物之保稅倉庫，應另檢送所需使用之設備清單。

申請設立存儲第三條第九款展覽物品之保稅倉庫，應另檢送陳列展覽物品辦法或展覽計畫書。

海關對於保稅倉庫設立之申請，認有不合本辦法之規定者，應限期改正，未經改正前，不予核准登記。

經核准登記之保稅倉庫，由海關發給執照，並每兩年依第七條規定辦理校正一次。

本辦法中華民國一百十年一月十一日修正施行前已核准登記之保稅倉庫辦理校正時，海關得依原核准登記時之規定辦理，其於本辦法九十二年六月二十七日修正施行前已核准登記者，並應就第五條第一項第二款有關防盜、防火、防水、通風及照明等安全設備實地勘查。

保稅倉庫登記事項之變更，應於辦妥變更登記之翌日起三十日內檢附有關證件影本，向監管海關辦理換照手續。但實收資本額增加，得於前開期限內，以書面向監管海關報備以代替換照。

前項登記事項之變更，係變更保稅倉庫地點或面積者，應於變更前先報請監管海關核准；實收資本額減少者，應於主管機關核准變更登記前向監管海關報備。<br />

經核准登記之保稅倉庫，其執照費及執照遺失申請補發之補照費，依海關徵收規費規則徵收之。

經核准設立之保稅倉庫，應向海關繳納保證金新臺幣三十萬元。但政府機關或公營事業設立者，不在此限。

保稅倉庫經核准自主管理且設立營業滿三年者，保證金為新臺幣三百萬元，未滿三年者，保證金為新臺幣六百萬元。但在管制區或經海關核准自主管理之貨櫃集散站內之保稅倉庫，保證金為新臺幣三十萬元。

自用保稅倉庫存倉保稅貨物涉及之稅費，加計售與課稅區廠商按月彙報先行出倉之貨物涉及之稅費，其金額超過前項規定之保證金額度者，保稅倉庫業者應主動提供足額保證金。

前項自用保稅倉庫專供儲存免稅商店或離島免稅購物商店銷售之貨物者，其保證金準用第二項規定。

市區免稅商店或免稅商店設有預售中心者，其自用保稅倉庫保證金為新臺幣二千萬元。但其預售中心未存儲保稅貨物者，準用第二項規定。

前五項保證金之提供依關稅法第十一條規定辦理。

保稅倉庫符合貨棧貨櫃集散站保稅倉庫物流中心及海關指定業者實施自主管理辦法規定，且實收資本額在新臺幣五千萬元以上者，得向海關申請核准實施自主管理。

自用保稅倉庫之設立，應具備自主管理條件始得申請核准登記。

保稅倉庫專供存儲修造飛機用器材者，其申請自主管理，得不受第一項實收資本額規定之限制。

經核准設立之保稅倉庫，非經海關許可，不得自行停業。