運輸業或運輸工具負責人違反第二十九條規定者，由海關依關稅法第八十三條規定，予以警告或處新臺幣六千元以上三萬元以下罰鍰，並得命其限期改正；屆期未改正者，按次處罰；處罰三次仍未完成改正者，得停止六個月以下轉運、轉口、進出口通關申報業務或廢止其登記。