外銷品原料退稅案件核定後查有溢退或短退稅者，經辦機關應向有關廠商追繳或補退，或由廠商自動補繳或申請發還。

廠商申辦外銷品原料退稅案件經核定後且經海關依關稅法第十三條規定實施事後稽核補徵稅款，未違反海關緝私條例相關規定者，得於稅款完納之翌日起二個月內申請退稅。