集散站經營業經交通部核准設立，應檢具下列文件，送經當地海關會同當地航政機關實地勘察後，核准登記為集散站：
一、申請書：應載明申請機關、公司或行號之名稱、統一編號、地址、電話號碼及負責人銜稱、姓名、身分證統一編號、電話號碼及其住址。
二、集散站地點、建築構造、交通部核准設立面積範圍及站內布置圖說。
三、集散站土地及建築物使用權證件及其影本。
四、集散站經營業許可證及其影本。
五、與通關網路業者簽訂之契約書。

前項第三款之文件，如申請人為政府機關或公營事業者，得予免送。

集散站業者依交通部所核准設立面積範圍，應與外界有明顯之區隔。

經核准登記之集散站應於核准登記之翌日起十日內，向海關繳納保證金新臺幣三十萬元，以完成登記。但集散站業者為安全認證優質企業者，保證金減半繳納；其為政府機關或公營事業者，得予免繳。

前項保證金除以現金繳納外，得以下列方式提供：
一、政府發行之公債。
二、銀行定期存單。
三、信用合作社定期存單。
四、信託投資公司一年以上普通信託憑證。
五、授信機構之保證。
六、其他經財政部核准，易於變價及保管，且無產權糾紛之財產。

前項第一款至第四款及第六款之擔保，應依法設定抵押權或質權於海關。

經完成登記之集散站，由海關發給集散站登記證後，仍應每二年向海關辦理複勘及校正，複勘時，並由海關會同當地航政機關為之。登記證遺失時，應即申請補發。

集散站應設置貨櫃集中查驗區域以供海關查驗貨物。集中查驗區域之設置須有明顯標示，其面積、查驗場所、遮雨棚、照明燈具、機具、電源插座及其搬運工人等應配合海關查驗需要設置。新設立之集散站並應有固定式之拖靠月台。但設置於國際港口管制區內之集散站，其出口整裝貨櫃之查驗作業月台，得以活動式之平面拖靠月台替代。

集散站應設置電腦及相關連線設備以電子資料傳輸方式處理業務。其作業規定，由海關訂定並公告。

經完成登記之貨櫃集散站，因故須自行停業者，應向海關報備。其有下列情形之一者，應向主管機關辦理變更登記，並於核准變更登記之翌日起三十日內檢附集散站經營業許可證及其影本向海關辦理變更登記換發登記證：
一、變更名稱。
二、遷移地址。
三、變更負責人。
四、變更或增減營業項目。
五、增減資本額。
六、土地面積之增減。