貨棧業者違反第十三條之一、第十三條之二、第十八條第一項、第十九條第二項、第五項或第二十五條第一項規定者，由海關依關稅法第八十六條規定，予以警告或處新臺幣一萬元以上一百萬元以下罰鍰，並得命其限期改正；屆期未改正者，按次處罰；處罰三次仍未完成改正或違規情節重大者，得停止六個月以下進儲貨物或廢止其登記。

貨棧業者有前項情事致存棧貨物因非法提運、遺失、遭竊或其他原因而短少者，由海關依關稅法第八十六條規定，處新臺幣三萬元以上三百萬元以下罰鍰，並得命其限期改正；屆期未改正者，按次處罰；處罰三次仍未完成改正或違規情節重大者，得停止六個月以下進儲貨物或廢止其登記。