進儲物流中心貨物發生退貨情事，應將退貨理由填報於申請書表其他申報事項欄，依下列規定辦理：
一、退回課稅區者，依第十條第一項第一款規定辦理後銷帳。
二、退回保稅區者，依第十條第一項第二款規定辦理後銷帳。
三、退回國外者，依前條規定辦理後銷帳。

進儲物流中心貨物，如已無商業銷售價值者，得取具貨物所有權人書面同意並經海關核准，在海關監視下銷毀除帳。

物流中心存儲之保稅貨物因天災、事變或不可抗力之事由，而遭受損失或損壞致無價值，經海關查明屬實者，得核實除帳。

物流中心存儲之保稅貨物，因貨物之性質自然短少，其短少部分經海關查明屬實者，得核准除帳。