物流中心業者未依第二十條規定登錄電腦或未於次月十五日前彙總填報者，由海關依關稅法第九十條規定，予以警告或處新臺幣六千元以上三萬元以下罰鍰，並得命其限期改正；屆期未改正者，按次處罰；處罰三次仍未完成改正者，得停止其六個月以下期間按月彙報。