實施自主管理業者有下列情事之一者，由海關依關稅法第八十六條之一規定，予以警告或處新臺幣六千元以上三十萬元以下罰鍰，並得命其限期改正；屆期未改正者，按次處罰；處罰三次仍未完成改正或違規情節重大者，得停止六個月以下部分或全部自主管理事項，或廢止其自主管理之核准：
一、違反第三條第二項至第四項關於專責人員之設置、資格、人數及管理規定。
二、未依第四條第二項規定，將專責人員調離職務。
三、經海關核准實施自主管理後，違反第六條規定之條件。
四、所屬專責人員未依第十一條規定向海關報告。
五、未依第十二條規定製作稽核報告送海關備查。