實施自主管理之業者，應具備下列條件：
一、已設置電腦及相關連線設備，並以電子資料傳輸方式依關務有關法令處理業務。
二、制度完善，營運正常及管理良好；對貨櫃（物）之進儲、提領、存放位置、異動及進出站（棧）設有完整之電腦控管作業流程。但儲存大宗或種類單純之裸裝貨物者，不在此限。
三、大門警衛室設有電腦並採連線控管貨物進出，且可提供海關線上查核。但保稅工廠附設之自用保稅倉庫，不在此限。
四、大門及依法令應設置監控系統區域，須設置具備二十四小時連續攝錄及供稽核關員線上監看等功能之監控系統，並應維持監控系統正常運作。監控錄影檔案應存檔三十日以上，以供海關查核；必要時，應依海關通知延長存檔至九十日以上。但設立於港口機場管制區內以儲存大宗或種類單純裸裝貨物之業者，得經海關核准免設置。
五、業者無積欠已確定之稅額及罰鍰或提供相當擔保。
六、連續滿三年所存儲之貨櫃（物）無私運或嚴重失竊紀錄，且所屬員工無利用職務之便從事走私違法行為者。但有下列情形之一者，得不受三年期間之限制：
（一）新申請設立登記之自用保稅倉庫、物流中心、免稅商店或專供存儲免稅商店銷售貨物之保稅倉庫。
（二）具安全認證優質企業資格之倉儲業者新申請設立登記之保稅倉庫。
（三）港口機場管制區、科技產業園區、農業科技園區或科學園區之倉儲業，設置未滿三年。

進出口貨棧、貨櫃集散站申請或經海關指定自主管理，除應具備前項各款規定之條件外，並應設有獨立之警衛部門，負責執行貨櫃（物）進出站（棧）之查對、門禁管制及貨站（棧）巡邏，警衛人員應著制服，以資識別。但設立於港口機場管制區內之進出口貨棧，不在此限。