保稅倉庫之自主管理事項包括下列各項：
一、巡視倉庫。
二、啟閉倉庫門鎖。
三、點驗貨物進倉。
四、查報短卸、溢卸貨物。
五、短裝、溢裝或破損貨物之填報。
六、監視加註或更正貨物標記、箱號。
七、看樣、取樣及公證之監視。
八、監視保稅貨物辦理重整。
九、查對、登記扣存或沒入貨物。
十、查對與登記逾期貨物或聲明放棄貨物。
十一、已列入拍賣清單貨物之查對。
十二、保稅貨物出倉。
十三、使用海關封條（含電子封條）加封、核銷作業。
十四、出倉進口食品加貼中文標示作業。
十五、保稅貨物銷毀、破壞作業。
十六、登載存貨簿冊及按月印製替代存貨簿冊之報表。
十七、各種有關報表文件之編製、核對簽證、造送、登記、整理、歸檔及保管等工作。
十八、報告違章異常案件。
十九、倉庫地腳品完稅提領出倉。
二十、其他經海關核發准單所指示及依關務法規有關規定應辦理事項。