依本條例第十八條第二項規定，自由港區事業辦理有關貨物進儲、提領之帳務處理事項如下：
一、貨物進儲及提領時，應即登錄貨物帳，依供營運貨物及自用機器、設備二類分設帳冊。
二、帳冊內容應包括料號、貨物名稱、型號、規格、進出倉單證號碼、輸出入區或區內交易憑證號碼、進出倉日期、時間、數量及結存數量。
三、自用機器、設備於運入滿五年後，得自行除帳，其尚未出區者，仍應列帳管理。
四、自用機器、設備之消耗性物料，事先向海關報備核准者，得憑領用數除帳。
五、進儲供修理之營運貨物，其使用之零、組件，因情況特殊，無法編製單位用料清表時，應檢附說明文件於修理前向海關申請，經核准者，得依領用數除帳，並應於次月五日前提供實際領用數清表供海關備查；未依規定申請辦理者，不得依領用數除帳。
六、存儲之貨物，因貨物之性質自然短少，其短少部分經海關查明屬實者，得予除帳。
七、進儲貨物之存儲期間不受限制。但儲存逾二年貨物，於必要時應列印報表以備海關查核。
八、自由港區事業應設有列印相關帳冊、表報之電腦必要設備，可供海關遠端查核並得擷取有關資料。
九、自由港區事業貨物輸往課稅區或受理課稅區廠商委託辦理加工、修理、檢驗、測試有添加未稅原料案件經海關核准按月彙報者，應設置「自由港區事業貨物輸往課稅區按月彙報保證金循環使用紀錄」，並隨時登錄保證金繳納、出貨日期、廠商名稱、貨品名稱、規格、型號、料號、數量、貨價及預估稅額等，在保證金額度內分批提領出區。於辦理彙報並經海關放行後，依原預扣稅額逐項恢復保證金額度。