依本條例第三十一條第一項規定，自由港區事業經核准結束營業、廢止或撤銷營運許可時，應辦理事項如下：
一、於自由港區管理機關核定之翌日起停止免稅貨物進儲。
二、於自由港區管理機關核定之翌日起二週內辦理結束盤點，並依規定造送盤存清冊及結算報告表。
三、免稅貨物、自用機器、設備如產生盤虧，應向海關辦理補稅。餘存之貨物及自用機器、設備於辦理轉儲、稅費徵免或復運出口前，由自由港區管理機關監管。

自由港區事業因故未能依前項規定辦理結束盤點時，海關得逕依帳面結存數課徵應補稅捐。