依本條例第三十一條第二項規定，申請經營自由港區事業取得籌設許可者，於籌設階段經核准廢止或撤銷其籌設許可時，應辦理事項如下：
一、於自由港區管理機關核定之翌日起停止自用機器、設備之進儲。
二、籌設期間減免之關稅、貨物稅、營業稅、推廣貿易服務費及商港服務費，應予補徵。但於自由港區管理機關核定之翌日起六個月內原貨復運出口者，不在此限。
三、前款貨物於辦理相關稅費補徵或復運出口前，依本條例第三十一條第三項規定，由自由港區管理機關監管。