依本條例第十八條第三項規定，自由港區事業有關貨物控管，應辦理事項如下：
一、對貨櫃（物）之進儲、提領、存放位置、異動及進出廠（場）區，設有一套完整之電腦控管作業，相關電腦紀錄及單證保管三年。
二、設門禁管制，負責執行貨櫃（物）進出廠（場）區之查對。
三、遇有下列情事應即通報海關：
（一）貨櫃（物）失竊、調包者。
（二）封條有遺失、破損、斷失、偽造、變造之嫌，或封條號碼與貨櫃（物）運送單兼出進站放行准單（以下簡稱運送單）所載不符，或電子（紙）封條讀取比對異常者。
（三）運送單經塗改者。
（四）發現貨櫃（物）有夾藏或夾層者。
（五）貨櫃（物）逾時進區或逾時未進區者。
（六）發現進出倉貨物與原申報之貨名不符者。
（七）發現不得進儲之貨物。
（八）存倉貨物遭受水災、風災、火災或其他天然災害而致損毀者。
（九）存倉貨物查核或盤點，發現與帳面結存數不符者。
（十）發現貨物原產地標示明顯不符者。